水利部中国科学院水工程生态研究所成立于1987年，位于湖北省武汉市，为水利部和中国科学院双重管理的科研事业单位。

据2018年2月研究所官网资料显示，研究所设有4个管理部门，4个科研部门， 3个技术支撑与咨询服务部门；有在职职工150人。